7月5日清晨，卢旺达国民警卫队集体发动政变，得到了包括胡图族和图西族大多数人的支持。因此，政变没有遇到任何抵抗，顺利地接管了政权，并发表公报。公报阐述了国民民警卫队发动政变的原因，说卡伊班达总统执政上的错误，已使“国家的统一受到威胁，和平安定的生活遭到破坏”，惟有建立新的政府才能使卢旺达摆脱危机，制止部族间的流血冲突。公报宣布，军方组成的“全国和平统一委员会”将代替前政府，行使一切权力，哈比亚利马纳少将自任委员会主席。政变当局将卡伊班达总统和各部部长置于监护之中。还宣布停止帕梅胡图党的活动，并解散国民议会。公报宣布，为了政府机构的运转，已命令各部的副部长接管各部门的管理；各地驻军司令接管地区行政机构，以保证政局的稳定和正常的社会秩序。由于武装部队直接控制了整个国家，因此没有出现流血事件。政变当天，首都基加利只出现少数军队在市区巡逻，商店照常营业，学校照常上课，机场正常开放。
民族和解
政变后，全国和平统一委员会主席哈比亚利马纳向全国发表讲话，阐述军政府将执行的内外政策。他强调为了防止卢旺达的分裂，必须致力于民族和解，以制止部族之间的仇杀。他说：“国民警卫队司令部为把国家从即将变成灾难的混乱中拯救出来，已采取了一系列重要的并将坚持的措施：在整个共和国的国土上禁止一切政治活动，全体公民都应该继续从事他们的正常工作；腐败的无所事事的前政府已被免职；已建立了全国和平统一委员会，它将负责恢复国家的和平和统一，这个委员会代行政府职权直到完全恢复全国和平为止；前执政的帕梅胡图党及其他一切政治集团必须停止活动；卢旺达前政府与外国或国际组织签订的所有协定和条约都将得到尊重……”