季龙于青州造船数百，掠缘海诸县，所在杀戮，朝廷以为忧。谟遣龙骧将军徐玄等守中洲，并设募，若得贼大白船者，赏布千匹，小船百匹。是时谟所统七千余人，所戍东至土山，西至江乘，镇守八所，城垒凡十一处，烽火楼望三十余处，随宜防备，甚有算略。先是，郗鉴上部下有勋劳者凡一百八十人，帝并酬其功，未卒而鉴薨，断不复与。谟上疏以为先已许鉴，今不宜断。且鉴所上者皆积年勋效，百战之余，亦不可不报。诏听之。
康帝即位，征拜左光禄大夫、开府仪同三司，领司徒。代殷浩为扬州刺史。
又录尚书事，领司徒如故。初，谟冲让不辟僚佐，诏屡敦逼之，始取掾属。
石季龙死，中国大乱。时朝野咸谓当太平复旧，谟独谓不然，语所亲曰：“胡灭，诚大庆也，然将贻王室之忧。”或曰：“何哉？”谟曰：“夫能顺天而奉时，济六合于草昧，若非上哲，必由英豪。度德量力，非时贤所及。必将经营分表，疲人以逞志。才不副意，略不称心，财单力竭，智勇俱屈，此韩庐、东郭所以双毙也。”